Windows Vista には『UAC』と呼ばれるセキュリティー機能が搭載されています。UACのセキュリティー動作により「システム管理下のフォルダ内へのファイル操作」が制限されています。
「C:\Windows」や「C:\Program Files」などがそれにあたり、それらの場所にゲームをセットアップした場合、起動の仕方によってセーブ/ロードの格納場所が変わります。たとえばマニュアル通りにセットアップメニューからゲームを起動した場合はUACの影響を受けず、セットアップした場所にセーブデータが作成され、ロードも行えますが、Reallive.exe(ゲームプログラム本体)を直接起動した場合はUACが働き 「保護された別の場所」にセーブデータが作成されます。これはセットアップという名前のプログラムに自動的に管理権限が与えられているためですが 、そこから起動するゲームプログラムにもその権限は引き継がれる仕組みのようです。
このため、セーブデータはセットアップした場所に作成されますが、2回目以降の起動のように実際にセットアップ動作がない場合、逆に警告が表示されてしまいます。(実際には問題はありません)
なお、UACが動作していても、セットアップした場所にあるセーブデータをロードすることも可能ですが、双方に同じファイルがある場合「保護された別の場所」にあるセーブデータが優先されますので混乱を招きます。